Die Anlage gleicht heute einem dem Verfall preisgegebenen Geisterbahnhof. Wildwuchs auf den Bahnsteigen, zerschlagene Scheiben der abgeriegelten Treppenhäuser und verbretterte Wartesäle prägen das Bild, zudem sind alle Wände mit Graffiti bemalt, nur das Bahnsteigdach ist noch intakt. Die Gleise an den Bahnsteigen des „oberen Bahnhofs“ und sämtliche Weichenverbindungen sind zurückgebaut worden. Heute fahren nur noch die Güterzüge auf den zwei Hauptgleisen durch den oberen Bahnhofsteil. Die alten Informationsanzeiger aus tschechoslowakischer Produktion im oberen Bahnhofsteil sind noch vorhanden, wenn auch nicht mehr funktionstüchtig und ohne Scheiben. Am unteren Bahnsteig halten noch stündlich Züge der Regionalbahnlinie 22 von Potsdam Hauptbahnhof nach Flughafen Berlin-Schönefeld, die bei Michendorf den südlichen Berliner Außenring über Saarmund und Genshagener Heide befahren. Es ist mittlerweile nur noch ein Gleis (Gleis 1, das ehemalige Gleis 7) in Betrieb, da bei der Elektrifizierung 1999 die Weichen des Kreuzungsgleises festgelegt, aber nicht zurückgebaut wurden, da für dieses kein Bedarf mehr bestand. Die Ausfahrsignale des Kreuzungsgleises sind abgedunkelt, aber betriebsfähig. Zum Jahreswechsel 2006/2007 wurde das Empfangsgebäude endgültig geschlossen, nur die Gastronomie hat noch geöffnet. Der Tunnel vom oberen Bahnhof zum Empfangsgebäude und die Treppe vom oberen zum unteren Bahnhof werden nicht mehr benötigt und sind ebenfalls verschlossen worden. Man gelangt nun vom Bahnhofsvorplatz über das stillgelegte Gleis 8 direkt auf den Bahnsteig.
Das Bahnhofsgebäude aus dem Jahr 1958 verfällt zusehends und hat inzwischen weder Fenster noch Türen, 2007 wurde es vermauert. Bereits ins Spiel gebrachten Abrissplänen steht die bemerkenswerte Architektur im funktionalen Baustil der späten 1950er Jahre entgegen, welche einen Erhalt bei neuer Nutzung rechtfertigen würde.
Obwohl dem Bahnhof Potsdam Pirschheide eine gewisse Bedeutung als südlichem Eingangstor zur Stadt mit unverändert vorhandener Umsteigemöglichkeit zum Nahverkehr in Potsdam (Straßenbahnen in die Potsdamer Innenstadt und Linienbus zum Schloss Sanssouci) zukommen könnte, ist seine Zukunft ungewiss. Da sich in unmittelbarer Nähe z. B. die Sparkassen-Akademie sowie die für Ausflügler interessanten Naherholungsgebiete Templiner See und Pirschheide befinden, kommt eine völlige Aufgabe des Bahnhofs durch Einstellung der vorhandenen Regionalbahnverbindung oder Stilllegung des letzten Bahnsteiggleises vorerst nicht in Frage. Ab 2012 soll laut Landesnahverkehrsplan Brandenburg die Regionalbahnlinie 22 über den Bahnhof Golm und dann wieder über den Außenring und damit durch den oberen Teil des Bahnhofs Pirschheide zum Flughafen Schönefeld fahren. Durch den unteren Bahnhofsteil soll dann eine separate Regionalbahnlinie nach Michendorf verkehren. In diesem Zusammenhang soll auch untersucht werden, ob eine Reaktivierung des Haltes im oberen Bahnhofsteil machbar ist, um eine Umsteigemöglichkeit von Caputh und Michendorf Richtung Schönefeld zu ermöglichen

Quelle: Wikipedia
http://de.wikipedia.org/wiki/Bahnhof_Potsdam_Pirschheide